소윤(小尹, 윤원형)과 대윤(大尹, 윤임尹任)의 갈등 속에 윤원형이 을사사화(乙巳士禍)를 일으켰다. 일종의 세력다툼으로 정쟁이나 다름없었다. 나중에 윤원형도 숙청당했고 여기에 윤원형의 첩 정난정(鄭蘭貞, ?~1565)이 등장, 부를 축적해 호화생활을 했다. 명종 어머니 문정왕후는 승려 보우(普雨, 1509~1565)에게 권력을 주어 불교중흥을 했는데 대간들이 탄핵을 상소, 제주도로 유배. 다시 제주 목사 변협에 의해 참형당했다. 이같이 왕 옆에는 외척의 득세, 간신이 들끓어 왕의 선정이 이루어지지 못하는 불운을 본다.

정난정도 비극의 주인공이 되어 독약을 먹고 자살했다.
선조(宣祖, 1552~1608, 재위 1567~1608)는 제14대 왕으로 40년 7개월의 긴 세월을 왕좌에 앉았다. 하성군(河城君)으로 봉해졌다. 중종(中宗)의 일곱째 아들인 덕흥대원군(德興大院君)이 아버지이다. 선조는 인재발굴에 힘썼고 성리학의 거두 이이(李珥, 1536~1584)와 이황(李滉, 1501~1570)을 나라의 스승으로 모셨고 기묘사화 때 화를 당한 조광조에게 영의정을 증직하고 억울한 누명으로 죽거나 귀양간 신하를 신원시켰다. 그러나 선조는 임진왜란을 겪은 주인공이다.

 
당쟁이 극심해서 서인, 동인, 남인, 북인으로 싸우고 정여립(鄭汝立, 1545~1589)이 간신의 탈을 쓰고 역모를 꾸몄다. 정여립은 이이와 성혼(成婚, 1535~1598)의 문하였는데 동인편으로 옮겨 변절했다. 1587년 왜구가 쳐들어오자 물리쳤고 대동계를 조직 세력확장에 힘썼으나 기회주의자로 몰려 자살했다. 선조는 한마디로 장단점 중 단점이 많다. 누가 충신인가 간신인가 분별능력이 부족했다. 1590년 일본에 통신사 황윤길(黃允吉, 1536~?)과 김성일(金誠一, 1538~1593)이 정사(正使)와 부사(副使)로 다녀왔는데 보고가 제각각이었다, 황윤길은 왜구가 곧 침략을 할 것이라 했고 김성일은 집권세력으로 침략의 기미가 보이지 않는다고 했다. 다만 늦게 침략할 수 있다고 여운을 남겼다.

선조는 황윤길의 보고를 듣지 않아 이른바 6년 전쟁이라 일컫는 임진왜란(壬辰倭亂, 선조 25, 1592~1598 선조31)이 2차에 걸쳐 일어났다. 제2차는 정유재란(丁酉再亂)이라고 불리운다. 1년을 더해 7년 전쟁이라 일컫는 임진왜란은 조선왕조 역사상 가장 치열한 전쟁이었고 선조는 개성, 평양, 의주까지 피난했다. 이웃 명(明)나라에 원병을 청했고 광해군(光海君)을 세자로 책봉, 조정을 두 개로 나누어 의병과 군량미를 확보했다. 의병과 관군의 투혼은 청사에 빛나고 전라좌수사 이순신의 수군이 한산도대첩으로 제해권을 장악해 왜구를 격퇴했다. 권율(權慄, 1537~1599)의 행주대첩(선조26년, 1593년 10월)이 한양 환도의 기틀이 됐다.

하지만 유적이 불타고 백성들은 노예와 기술자로 명에 끌려갔고 이순신, 곽재우(郭再祐, 1552~1617), 김덕령(金德齡, 1567~1596) 등 명장을 깎아내렸다. 모화사상이 농후하여 명에 빌붙은 신하는 우대하고 나라를 구한 충신은 홀대했다. 왜구의 장수 도요토미 히데요시(풍신수길, 豐臣秀吉)가 죽자 긴 전쟁은 막을 내렸다. 선조는 일이 잘못되면 슬쩍 빠지고 남에게 책임을 전가하는 특기를 가졌다. 한마디로 선조는 성군이 아닌 무능군주로 평가 절하한다. 이이가 주장한 10만 양병을 받아들였다면 임진왜란은 단기간에 끝나는 전쟁이었다.